甲硝唑主要用于治疗肠道和肠外阿米巴病，比如说阿米巴肝脓肿，胸膜阿米巴病等，还可以用于治疗阴道滴虫病，小袋虫病和皮肤利什曼病等等，目前还广泛用于厌氧菌感染的治疗。成人的常用量，对于肠道阿米巴病，是每次2到3片，一日三次，七天为一个疗程，肠外阿米巴病一次，3到4片，一日三次，20天是一个疗程。治疗滴虫病，一次一片，一日四次，七天为一个疗程。小儿常用量，如果治疗阿米巴便每日按照每公斤体重35到50毫克，分三次口服，十天为一个疗程。厌氧菌感染，口服，每日按照每公斤体重20到50毫克。常见的不良反应是以消化道反应最为常见。