房间隔缺损应该与风湿性心脏病鉴别，根据病史，心脏检查及病程就有助于鉴别。在婴幼儿期与高位的室间隔缺损及未闭的动脉导管不易鉴别。杂音及震颤的部位相似，心脏都是扩大的，肺动脉总干部膨隆，波动显著，有肺门舞蹈征。在典型的房间隔缺损，左心房、左心室均不增大，而在前两者均可增大，最后确诊需有赖于心导管检查，如果未闭的动脉导管产生了典型的连续性的杂音，就不难鉴别。