贝克痣治疗采用手术疗法，主要通过外科手术，部分、大部或全部彻底切除病变组织。小痣可以切除直接缝合者则直接缝合，不能直接缝合时，属良性痣则在痣中央分次切除法处治，完全、彻底切除，据病变痣的部位与大小，治疗贝克痣后以局部皮瓣，转移皮瓣或植皮法覆盖处理创面。
