玻尿酸也会有一些副作用。例如，有时使用者可能出现发红、肿痛、热感或局部重压感，偶尔会产生皮肤瘙痒感等皮肤疾病症状。若是使用过量，可能会导致产生许多皱纹。不过若是合成酶基因活化，人体进行自我调节，产生相应的酶来分解过量的部分，从而消除副作用。一般来说，玻尿酸还是比较安全的。
