飞秒激光矫正近视眼手术的安全性，和医生的操作经验，以及设备都有密切的关系，手术并不是零风险，主要是避免术后的并发症。任何角膜做手术，都会有伤口，就会有感染的机会，导致近视手术后遗症的出现，有些是角膜复原后，伤口暴露在空气中，如果不注意卫生，就会造成发炎以及感染。
