咖啡斑由于拥有局部黑色素细胞分解代谢非常活跃等特点，使其治疗的结果有时难以预料。咖啡斑的治疗平均次数较多，部分病灶可能会经治疗后再次出现反映性的色素淡化，使治疗难以专心。由于咖啡斑的黑色素细胞排列于表皮内，因此利用较短波长和较小的能量密度即可摧毁表皮黑色素细胞，一般相信504nm波长是较理想的决定，非特异伤损也较小。