滴虫性尿道炎的治疗主要以全身用药为主。可以选择的药物有甲硝唑，替硝唑和奥硝唑，治疗的方法为，一次0.5克，口服，一天两次。共治疗7到10天，停药三天之后复查。因为滴虫性尿道炎一般会同时合并阴道炎，所以还有检查白带，如果同时合并滴虫性阴道炎，在使用口服药物的同时，一定要使用阴道塞药。治疗方法、疗程与滴虫性尿道炎相同。在治疗期间不能同房，要夫妻双方同时治疗。