心房颤动的药物治疗分为两种，一种是转复心率的药物，另外一种是抗凝药物治疗。房颤发作48小时之内可应用盐酸胺碘酮转复为窦性心律。如果房颤发作超过48小时，需要严格的应用抗凝药治疗三周后，完善经食道心脏彩超，确定心脏没有血栓后，可应用盐酸胺碘酮转复为窦性心律。转复为窦性心律后继续应用抗凝药治疗四周。对于不能转复为窦性心律的患者，可应用减慢心率的药物，如被它受体阻滞剂，使安静状态下的心室率保持在80次/分，然后根据患者的血栓与出血分险评估，确定是否应用抗凝药物治疗。