巧克力囊肿在临床上的药物治疗主要是使用激素，是患者假绝经的性激素疗法，已成为临床治疗巧克力囊肿的常用方法，但对于较大的卵巢内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质不明确者亦采用手术治疗。临床上常用的药物有以下几种，第一，避孕药，临床上常用低剂量高效孕激素和炔雌醇复合制剂，用法为每日一片，连用六个到九个月。第2激素治疗，比如甲羟孕酮，30毫克每天连用六个月。第三孕激素受体拮抗剂，米非司酮，每日口服25到100毫克，连用3到6个月。第四孕三烯酮，因为此药袋在血浆中半衰期比较长，每周仅需用药两次，每次2.5毫克，于月经的第一天开始服药，六个月一疗程。第五达那唑，一天2到3次，每次200毫克，持续六个月。第六，醋酸亮丙瑞林和戈舍瑞林，用量为3.75毫克，3.6毫克，皮下注射，28天一次，连用3到6个月。