小儿灌肠对孩子的伤害首先是对直肠内的微环境有影响。直肠内有其固定的生理环境，如果长期或者多次用药物灌肠，会导致直肠粘膜，直肠的酸碱度还有直肠壁的分泌吸收功能和生理环境发生改变，损伤肠道。其次，肠道内还有很多细菌，很可能随着灌肠液进入肠道深处，造成污染。尤其是一些抗生素，有可能杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调，继发感染而出现腹泻。