肛瘘自外口反复流出脓性分泌物和粪水，污染内裤，分泌物时多时少，由于分泌物对皮肤的刺激，可引起局部皮肤瘙痒，严重者皮肤发生湿疹样改变，有时还有气体自外口排出，外口可暂时封闭，但因染物不断从内口流入形成脓液，局部再次出现红肿，疼痛，压痛等再次脓肿的表现。有的患者还有发热，乏力等全身症状。由于炎症浸润，封闭的外口可再次破溃排出脓液，或脓液穿透邻近的皮肤流出，形成新的外口，脓液排出后，症状消失，如此反复发作，可形成多个外口及数条支管，支管可相互沟通，肛周损害加重，肛瘘在不同的时期表现亦不同，若分泌物少，引流通畅，患者可无任何症状或仅感轻微不适。如外口封闭，脓液积聚，多存在红、肿、痛等炎症的表现。