肛瘘一般是一种独立的疾病，如果合并克罗恩病，一般考虑是克罗恩引起的肛瘘，而肛瘘是克罗恩病的肛周外在表现，克罗恩病是一种免疫性疾病，属于炎症性肠病的一种，又称节段性肠炎，表现为腹痛，腹泻，脓血便，如果单独是肛瘘手术治疗即可痊愈，如果是克罗恩病引起的，在治疗肛瘘的同时，必须治疗克罗恩病，否则只手术治疗肛瘘还会复发。