巧克力囊肿，没有最佳的治疗方案，他的治疗方案的选择要根据患者的年龄，疾病的严重程度，有没有生育要求而定。第一，严重的影响生育的巧克力囊肿，一般建议先做手术治疗，手术之后选择使用醋酸亮丙瑞林或戈舍瑞林治疗3到6个月，然后再快速怀孕，如果不能快速怀孕，就选择辅助生殖技术怀孕。第二，对于巧克力囊肿体积比较小，或者没有生育要求的患者，可以选择口服避孕药或米非司酮模拟人工毕竟来预防巧克力囊肿的复发，也可以选择使用醋酸亮丙瑞林或戈舍瑞林治疗，对于卵巢巧克力囊肿体积比较小的患者可以选择药物保守治疗。