甲减的危害往往取决于发病年龄和疾病程度，成年型甲减主要影响代谢及脏器功能，其主要临床表现为怕冷，乏力，反应迟钝，体重增加。具体到各系统，神经系统常见的症状为智力减退，记忆力下降，严重者可以出现智力障碍、精神分裂、甚至昏迷；心血管系统可出现心动过缓，心包积液，心肌肥大，部分伴有血压升高；呼吸系统可出现呼吸困难，严重者可因粘液水肿，影响肺通气功能；另外还有可能出现食欲不振，便秘，血脂异常，贫血等症状。发生于胎儿和婴幼儿时，由于大脑和骨骼的生长发育受阻，可导致身材矮小和智力低下。