急性阿米巴痢疾是由于阿米巴原虫感染结肠黏膜引起的急性炎症性肠病，可引起结肠粘膜糜烂及溃疡。其治疗分为一般治疗和病原学治疗，一般治疗包括休息、补液、营养支持等，病原学治疗首选硝基咪唑类药物，有甲硝唑、奥硝唑和替硝唑等，杀菌作用强，副作用少，此外吐根碱对组织内阿米巴滋养体有杀灭作用，卤化喹啉类对肠内阿米巴滋养体有杀灭作用，可联合应用。