病因相当的复杂，一般认为是呼吸道感染，呼吸道变态反应，鼻腔鼻窦的解剖学异常是三个主要的因素。急性鼻窦炎容易是病毒感染引起来，慢性鼻窦炎的致病菌一般都会是细菌感染。对于鼻腔内分泌物有明显异味的，有可能会是真菌感染。鼻中隔偏曲，泡状中鼻甲，钩突肥大等引起来的鼻腔结构性狭窄，而影响了鼻窦的通气引流，会造成鼻窦炎。其他的药物性鼻炎，先天性的纤毛不动综合征，胃食管反流等也会引起。