治疗幽门螺杆菌感染的用药副作用主要是依据具体的药物，比如胃三联用药中奥美拉唑可以引起恶心，腹胀，腹泻，便秘，以及肝肾功能损害，严重者还可引起头晕，头痛，失眠等症状。而两种抗生素主要是引起胃肠道刺激比如反酸，烧心，腹胀，腹泻等症状。常用还可以有肝肾功能损害引起肌酐，尿素氮，胆红素等指标异常。胃四联用药中枸橼酸铋钾还可以引起舌苔，大便呈现黑色，偶尔会有恶心，便秘的症状，其他药物不良反应和胃三联类似。