阴道流褐色的分泌物伴有肚子痛，这只是一个临床症状，想要查找原因，还要结合患者其他的临床症状，以及实验室检查结果而定。第一，如果患者是怀孕之后出现褐色分泌物伴有肚子痛的情况，那么要考虑两种可能，先兆流产，宫外孕，这种情况需要检查血孕酮，绒毛膜促性腺激素和彩超明确诊断。第二，非孕期出现阴道少量褐色分泌物伴肚子痛。主要考虑有盆腔炎症，宫颈管局部粘连，子宫腺肌病，子宫肿瘤等疾病，需要做妇科检查，彩超进行初步筛查，再根据检查结果确定下一步的检查和治疗。