肛窦炎的治疗：一、中医治疗，内治法：湿热下注型，应用止痛如神汤加减，阴虚内热型，应用凉血地黄汤加减。外治法；1、熏蒸法，用苦参汤，祛毒汤风煎汤，先熏后洗。2、塞药法，可用痔疮栓，每天坐浴后塞肛，或者用红油膏，九华膏涂入肛内。3、灌肠法，可用金黄散调制成糊状保留灌肠。二、西医治疗：有效的抗生素治疗控制局部炎症。三、手术治疗，主要针对反复发作且肛隐窝内已成脓者，或者伴有肛乳头肥大，瘘管形成等。