巧克力囊肿主要是指，子宫内膜的间质或者腺体异位到卵巢，异位的子宫内膜在月经期也可以出现剥脱出血，从而形成巧克力囊肿。要想从根本上治疗巧克力囊肿，只有两种办法，第一，切除双侧卵巢，手术过程中会将巧克力囊肿一并切除，因为卵巢是女性的内分泌器官，切除卵巢，激素水平下降，女性就不会再来月经，手术后残存的巧克力囊肿慢慢就会萎缩吸收。第二，使用药物模拟人工闭经，他主要是用药物来抑制卵巢功能，达到闭经的状态，从而使得巧克力囊肿，逐渐萎缩并吸收。