女性卵巢巧克力囊肿的治疗方法，要根据女性的年龄，对生育的要求来决定，比如生育期的女性，卵巢巧克力囊肿直径大于3个cm，有生育的要求，此时应该做腹腔镜下囊肿剔除手术，手术之后可以恢复卵巢正常排卵以及盆腔内环境，恢复女性的正常受孕能力，如果女性已经接近绝经期，此时可以应用促性腺激素释放激素类的药物，比如说达菲林进行规律的治疗，帮助女性提前绝经，缓解痛经。