母乳性黄疸的病因迄今尚未完全清楚。目前主要认为一方面与母乳喂养不当，摄入不足有关，肠内蠕动减少或开奶延迟，肠道菌群建立晚，缺乏转化胆红素的菌群，可使结合胆红素排泄减少;另一方面可能与新生儿胆红素代谢的肠肝循环增加有关。还有研究表明新生儿小肠内的葡萄糖醛酸苷酶含量多，活性高，可催化结合胆红素变成未结合胆红素，使大量应排泄的胆红素吸收增加，即出现母乳性黄疸。