自身免疫性甲状腺病伴发蛋白尿时，临床定义为自身免疫性甲状腺疾病相关肾病。以膜性肾病病理类型多见，可能为甲状腺微粒体抗原和甲状腺球蛋白沉积在肾小球基底膜外诱发原位免疫复合物形成，循环免疫复合物机制在部分病例中也有所参与，使肾小球受损，进而形成蛋白尿。自身免疫性甲状腺疾病相关肾病病理其他类型还包括新月体肾炎、系膜增殖性肾炎等。