甲硝唑可以用于急性冠周炎、局部牙槽脓肿、牙髓炎、牙齿的根尖周炎以及智齿冠周炎的治疗。在使用时最常见的不良反应是胃肠道反应，如恶心、食欲减退、呕吐、腹部不适等。最好在饭后服用，以尽量降低不适感。甲硝唑在动物试验中发现具有致癌、致突变的作用，因此孕妇禁用。哺乳期服用需在停药后24-48小时后才可以恢复哺乳。服用甲硝唑后会抑制肝脏的乙醛脱氢酶，阻挠乙醇的正常代谢，用药后饮酒会引起双硫仑样反应，因此服药后应禁酒。