白细胞减少的病因有时不好确定，特别是轻度白细胞减少的病因。常见的白细胞减少的原因有药物性，例如应用解热镇疼药物，抗甲状腺药物等等。感染性白细胞减少，细菌，病毒都可引起白细胞减少。其他常见的血液系统疾病，如骨髓造血功能低下性疾病，再生障碍性贫血，骨髓恶性疾病如急性白血病，骨髓增生异常综合征都可以引起白细胞减少。另外脾功能亢进也可以引起白细胞减少。