慢性结膜炎可由急性结膜炎演变而来，也可由毒性较弱的病原菌感染引起。慢性结膜炎患者的治疗，首先是清除病因，抗感染治疗，在实验室结果出来之前，选择广谱抗生素。实验结果出来后，确定致病菌并给予敏感抗生素。如果是由革兰氏阳性菌引起，可经常使用青霉素、磺胺醋酰钠、利福平、氯霉素等滴眼液，晚上睡觉前可使用红霉素眼膏。如果是由革兰氏阴性菌感染引起，氨基糖苷类或喹诺酮类药物，如妥布霉素滴眼液和左氧氟沙星滴眼液，可在睡前涂于眼部。