牙龈溃疡的原因有很多，目前公认的是免疫因素。正常人自身的免疫力低下时，就容易发生牙龈溃疡。牙龈溃疡可能也和遗传因素有关，或者牙龈溃疡也和系统性疾病有关，比如十二指肠溃疡，胃溃疡，肝胆疾病以及由寄生虫引发的各种消化道疾病和功能紊乱。牙龈溃疡也可能和食物中缺乏锌，铁，硒等元素或者维生素比b2，b6，b12及叶酸等有关。