尿道炎的病原微生物主要是细菌，极少数为病毒、真菌、衣原体、支原体及滴虫等。单纯性尿路感染病原菌谱中，75％为大肠埃希杆菌，25％局限于表皮葡萄球菌、肺炎克雷伯杆菌、异常假单胞菌及粪肠球菌。复杂性尿路感染的病原菌谱中，大肠埃希杆菌不足50％，葡萄球菌属、克雷伯菌属、假单胞菌属、沙雷菌属和肠杆菌属的细菌明显增多。