典型的临床症状为痛经，呈继发性渐进性加重的特点。常于月经前一到两天开始，经期第一天最厉害，之后逐渐减轻，直到月经干净后。其次可继发不孕，几率约占40%左右，同时怀孕自然流产几率也增加。月经不调，多表现为经量增多，经期延长，或者经前经后少量的出血症状，个别也会出现性生活疼痛等症状。通过腹腔镜检查为诊断内膜异位症的最佳方法。