肛瘘首先是跟骶骨前瘘相鉴别，它是骶骨和直肠之间的脓肿在尾骨附近破溃形成，一般这种情况没有瘘管通向肛门。其次是跟会阴部尿道瘘相鉴别。尿道瘘是尿道球部与皮肤是相通的，一般排尿时，尿液会从瘘口内流出。它通常有外伤史和尿道狭窄病史，在肛管和直肠内没有内口。第三种是肛门周围的汗腺炎。该病侵犯的比较广泛，一般没有内口，外口比较多，跟肛管没有什么关系。