大便时肛门疼痛多是由于便秘加上肛周疾病引起的。肛周未梢神经分布密集，疼痛较敏感，常见有以下几种肛门疾病：1.肛裂，由于大便秘结，撑破肛周皮肤，甚至于部分肛门括约肌，引起疼痛，多在便后缓解。2.痔疮，特别是血栓性外痔，或内痔形成血栓或糜烂，排便非常疼痛，甚至恐惧排便。3.肛周脓肿，肛周红肿热痛，肛门排便，括约肌收缩引起排便疼痛。4.肛瘘，瘘管形成后，管内有粪水，炎症刺激引起疼痛。