胆肠吻合术后并发症主要是由于由于肠液或者食物残渣返流，造成反复发作的胆管炎，而胆管的炎症，还可以继发胆道结石的形成，反复的胆管炎或者结石的直接刺激，还会造成胆管癌的发生。以上这些都是胆肠吻合术患者愈合以后才会出现的远期并发症。而对于胆肠吻合术后早期，最主要的并发症还是胆肠吻合口瘘，容易出现胆汁性腹膜炎或局限性的脓肿形成。