甲状腺功能减退症的发病原因目前还不是很确切。一般认为有多个方面的原因。最常见的是由于于各种自身免疫性甲状腺炎所引起的甲状腺功能减退，其中以桥本甲状腺炎最为常见。另外，一些外伤或者手术也可能会造成甲状腺损伤，而出现甲状腺功能减退。还有一少部分是一过性的甲状腺功能减退，这种主要见于甲亢的药物治疗之后没有及时的调整药物剂量，出现的药物性甲减。