生殖器疱疹治疗不当，除了药物的副作用，更重要的是使生殖器疱疹得不到及时有效治疗，病情加重，给患者带来很大的风险。比如癌症发病率增高，患生殖器疱疹的女性宫颈癌发病率要比普通女性高出十倍之多。在艾滋病的高发区，生殖器疱疹往往是艾滋病病毒进入人体的温床，患者更容易感染艾滋病。生殖器疱疹还会传染给孕妇及胎儿，增加流产、死产以及新生儿死亡率的风险。