临床上大部分的肝囊肿是先天性肝囊肿，一般不会引起症状以及肝功能异常，无需处理，没有什么危害。但是对于合并多囊肾的多发性肝囊肿，应当注意，定期观察，因为数量极其的囊肿会严重损害正常的肝组织，引起肝功能衰竭，门静脉高压等一系列变化，导致死亡，后果严重，而且晚期只能通过肝移植挽救生命，非常困难。另外对于肝棘球蚴病所导致的寄生虫性肝囊肿也比较难处理，合并症以及并发症很多，除了肝脏损害，还容易引起过敏性休克，肺部和腹腔内播散。