扁桃体切除后遗症主要还是可能会出现免疫力低下的，但是大部分人不会出现的，正常情况下扁桃体在9岁左右会萎缩掉的，有一些人没有萎缩，反复的出现发炎或者出现生理性肥大的，引起睡眠打呼噜的。那么也是建议通过手术治疗的，这个手术治疗出现了后遗症，概率是非常小的，大部分人是没有什么后遗症的。手术也比较简单的，一般的二甲医院都可以做的。