卵巢囊肿一般都位于左右卵巢或附件区，而子宫肌瘤是位于子宫粘膜或基层或者浆膜下也有可能位于韧带处，两者的发病部位是不同的，并且卵巢囊肿大多为囊性的。而子宫肌瘤大多数在没有发生玻璃样病变时都是实质性的，两者是不同的病变，在临床上通过彩超是可以非常明确的分辨出来的，无论是卵巢囊肿还是子宫肌瘤，最好都是进行手术治疗。