不同病因造成胆汁酸升高的机制也是不一样的，比如说急慢性的肝炎和肝硬化，胆汁酸升高的原因主要考虑与肝细胞的损伤，功能性肝实质细胞数量减少，胆汁酸储存量减少以及门静脉系统回流有着密切的关系。而婴幼儿胆汁酸升高，很可能是由于胆道梗阻所造成的，比如说先天性胆道闭锁，可以使胆汁分泌下降，改变胆汁酸数量的分布，从而使血清中的胆汁酸浓度显著升高。而妊娠期肝内胆汁淤积症所导致的胆汁酸升高，主要是由于雌激素的水平增加，导致钠-钾-ATP酶活性下降，引起胆酸的代谢障碍，并且可以使肝细胞膜中胆固醇和磷脂的比例上升，影响对胆酸的通透性，使胆汁流出受阻，而且其还可以改变肝细胞蛋白合成，导致胆汁回流增加等。