三磷酸腺苷有一定的副作用，它常见的不良反应主要有头痛、头晕、心慌、胸闷、出汗、低血压等。尤其是在治疗快速性室上性心动过速时可以发生窦性停搏、交界性逸搏、全身皮肤潮红，胸闷憋喘等不适，尽管这只是一个瞬间性的反应，不需要特殊的处理，但仍有一定潜在的危险，因此在应用该药转复室上速时应该给予心电监护密切监测患者血压、心率，观察患者全身的反应。由于它对窦房结有明显的抑制作用，因此对于病态窦房结综合征、房室传导阻滞和老年人慎用。