巧克力囊肿手术后的注意事项有以下几点。第一点根据手术过程中的情况可以配合雌孕激素改善正常的月经周期。第二点控制性生活时间避免生殖系统细菌感染。第三点饮食加强营养高蛋白高脂低钠低盐饮食。第四点休息3到4天避免过度劳累，不能熬夜，暂时不能看手机。第五点来了一次月经，以后复查子宫附件的b超看看是否会有肚子疼痛也就是判断手术的效果。