氨碘酮的不良反应比较多，如该药物作用于心血管系统可以出现窦性心动过缓，一过性窦性停搏或窦房阻滞，房室传导阻滞，多形性室性心动过速，低血压等情况。胺碘酮可以诱发甲状腺功能亢进。也可以导致甲状腺功能减退。个别患者可以出现便秘，少数患者还可以有恶心呕吐的情况。神经系统也可以出现震颤，共济失调，肌无力，锥体外体征等等。