目前为止，渐冻人病因仍是不明确的，大约20%的患者可能与遗传及基因缺陷有关。另外，环境因素，如遗传，重金属中毒等均可能造成运动神经元损害，产生运动神经元损害的原因，目前主要理论有：神经毒性物质积累，谷氨酸堆积在神经细胞之间，久而久之造成神经细胞的损害；自由基使神经细胞膜受损；神经生长因子缺乏，使神经细胞无法持续生长发育。