非典型分枝杆菌感染最常见的眼部表现是巩膜炎或角膜炎。非典型分枝杆菌广泛分布于自然界，家畜、土壤、灰尘和水中均可发现非典型分枝杆菌株。药物治疗可考虑分3个级别：一级采用三重药物方案，包括异烟肼、利福平、乙胺丁醇，至少治疗1年，该方案适用于巩膜炎病变稳定，分枝杆菌持续培养阳性者。二级治疗包括上述3种药物，每天加链霉素至少1年。当开始治疗证明有效后链霉素可减至每周2～3次，该治疗方法适用于巩膜炎呈慢性进展的，对一级治疗无反应或中止一级治疗后复发的患者。三级治疗联合5～6种药物，二级药物加用头孢噻吩、乙硫异烟肼、环丝氨酸米诺环素、磺胺甲基异恶唑和其他利福平衍生物。更合理的治疗方案依赖体外药敏试验。