舌咽神经痛分为原发性和症状性两种，原发性的原因不清楚，可能由小脑后动脉、椎动脉、小脑前下动脉等压迫所致。症状者常因多发硬化，肿瘤，外伤，脑脓肿，血管畸形等原因引起。鉴别诊断上，疼痛为电击样剧痛，大部分发生在一侧，疼痛部位比三叉神经痛为深，常在耳深部，舌根，腭扁桃体，咽侧壁，扁桃体窝等处发作性剧痛，并向耳根深处放射。