女性生理性囊肿和病理性囊肿是有区别的，首先生理性囊肿是一种生理现象，随着时间的推移，不经过治疗，也可以自然消失。病理性囊肿常常是因为定病因素诱发的比如肿瘤，不经过治疗很难自行消失。生理性囊肿，囊壁薄，光滑，内容物均匀，直径很少大于5cm，一般没有临床症状。病理性囊肿囊内容物可以呈现囊性，囊实性，囊壁有的比较厚，可以有乳头状突起，有的直径可以超过5cm。大部分病理性囊肿都有临床症状，比如出现腹痛，腰酸，阴道不规则出血，有的从腹部还可以摸到包块。