对于婴儿长期腹泻的处理方式还需要根据引起腹泻的具体原因来决定。如果是生理性腹泻，可以调整喂养习惯，必要时还需要停止母乳喂养，改用奶粉以及添加辅食；如果是由于哺乳期女性进食油腻，生冷，辛辣等刺激性和不易消化的食物造成的婴儿腹泻，还应当注意调整饮食结构，并注意婴儿的腹部保暖，也可以在医师指导下应用改善肠道微生态环境的制剂；轻中度脱水可以应用口服补液，严重的患儿，还需要静脉输液；对于感染性因素所造成的腹泻还应当根据不同的病原菌选择不同的药物。病毒性肠炎不需要应用抗菌药物；真菌性肠炎，需要应用制霉菌素，同时应当注意纠正水电解质酸碱平衡紊乱，腹泻严重的话还应当应用蒙脱石散止泻。