巴氏腺囊肿手术主要分为两种，第一种是巴氏腺造口＋袋装缝合手术，这种手术主要是在局部麻醉下将巴氏腺切开，将里面存留的液体放出来，再使用甲硝唑等抗生素充洗囊腔。暂时用油纱或碘仿纱条填塞囊腔，预防囊腔闭合，一般需要一周左右时间，可以治愈。第二是巴氏腺囊肿剥除术，这种情况需要使用腰硬联合麻醉，将患者的囊肿拨出，就可以彻底的治愈巴氏腺囊肿复发。但是切除之后，女性的分泌腺减少，会影响性生活，导致性生活干涩。