巴氏腺囊肿手术是需要住院治疗的。巴氏腺囊肿属于妇科的小手术，术前要做一些常规的检查，手术之前要做会阴部的备皮，术中导尿，避免尿液污染，手术切口。巴氏腺囊肿通常采取开窗引流或者巴氏腺囊肿的剥除手术。手术以后，手术切口部位有充血水肿现象，并且阴道分泌物，尿液，粪便，都有可能污染手术切口，诱发切口部位感染，影响切口愈合，或者引起短时间内巴氏腺囊肿再次复发，所以常规要住院治疗，术后观察2-3天，手术切口无异常，消肿才可以出院。