肛门疼痛首先要明确是什么疾病导致的，再针对性治疗，才能得到有效的治疗。导致肛门疼痛常见的疾病有：1.血栓性外痔，治疗上轻者可以应用高锰酸钾坐浴，口服草木犀流浸液片，局部应用高渗盐水湿敷或者50%硫酸镁湿敷，严重者可以考虑手术切除。2.肛周脓肿，有条件首选手术治疗，才能达到根治的目的，没有条件需要静脉应用抗生素治疗。3.肛裂，对于新鲜肛裂的治疗首先要防治便秘，多喝水，多吃含纤维素高的食物，应用高锰酸钾坐浴，局部可以涂含有硝酸酯类的软膏，或者涂太宁膏。对于陈旧性肛裂多需要手术治疗。