临床上用于治疗大肠埃希菌的输液用药有很多，早期可以根据经验用药，但根据药物敏感试验结果选用抗菌药物是最恰当的方式。常用的药物有第三代头孢菌素，如头孢哌酮舒巴坦；氨基糖甙类，如奈替米星、依替米星；喹诺酮类，如环丙沙星、莫西沙星等。可以单独应用，也可以选择头孢菌素或广谱青霉素，联合氨基糖甙类抗菌药物治疗大肠埃希菌感染。如果细菌培养结果示产ESBLs菌，多是多重耐药菌，上述提及的抗菌药物大多会产生耐药性，这时还需要选用碳青霉烯类抗菌药物应用，如亚胺培南西司他丁、美罗培南、厄他培南、比阿培南等。